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=== Bioanalyse ===

  * cette protéine est un plasmide de 75Kbp
  * Les séquences divergentes représentent des séquences qui sont éloignées au cours des temps géologiques
  * Un BLAST avec la séquence nucléaire
  * le numéro des matrices (ndlr: de substitution) représentent la fixation d'acides aminés dans une population et donc la distance évolutive.
  * Swissprot permet d'obtenir une fiche de renseignements plus lisibles avec les différentes parties écrites en toute lettre.
  * Le signe + indique que pour cet position, l'acide aminé peut varier donc les deux acides aminés sont positifs.
  * La question posée, traduite en langage humain est, la suivante "...
  * On qualifie 2 gènes d'homologues si leur diversité diverge d'une séquence ancestrale commune. [...] Ainsi, 2 gènes appartenant à une famille multigénique peuvent être qualifiés de paralogues ou d'orthologues.
  * Dans le cas contraire on prendra l'inverse.
  * Question: Le lotus est-il une monocotylédone ? Réponse: Non, il s'agit d'une molécule d'ADN génomique, ...
  * L'ARNm est le gène sans ses exons.
  * EMBL est une banque de données généraliste européenne des séquences nucléaires maintenue sur l'EBI.
  * Le lotus est une monocotylédone car noté eudicotylédone...

=== Annotation ===

  * Pour le brin complémentaire, on observe les même similitude de différences que pour le brin direct.

=== Fouille de données ===

  * Les paramètres sont évaluables grâce à des critères d'erreurs que l'on peut intégrer dans le processus d'un classificateur ou d'une méthode, qui évalue l'erreur liée à la méthode.
  * La normalisation évite qu'il y ait des différences de distance entre les données, cela permet de trouver des distances fiables.

=== Traitement de données biologiques ===

  * La différence entre le réplicat biologique et technique est que le réplicat biologique est issu d'espèces non génétiquement modifiées alors que le technique est issu d'espèces génétiquement modifiées.
  * Un réplicat biologique utilise 2 génomes différents pour la construction de la puce.
  * Le graphique de volcano est obtenu par comparaison de la transcription de différents gènes à un moment donné et donc de la comparaison de la quantité d'ARNm d'une protéine.
  * Pourquoi effectuer des répétitions ? de quelle nature peuvent-elles être et que permettent-elles d’estimer ? 
    * Pour pouvoir comparer l'expression de gènes. On fait des répétitions ce qui nous permettra de voir les gènes co-exprimés. Elle est de nature protéiques et nous permet d'estimer la moyenne de chacune des séquences analysée.
  * Un réplicat biologique est un gène impliqué dans une maladie que l'on retrouve chez plusieurs patients.